由于医院污水中含有大量的病原微生物和有毒物质，所以国家制定了《医院污水排放标准》，要求诊所和医院的污水必须经一级消毒处理后才能排至市政管网。污水的消毒处理一般可分为消毒前的预处理和污水的消毒，口腔诊所的污水消毒处理中的预处理和消毒往往同时进行。
针对废水量规模小，应该选择小型废水处理设备，因为废水的药物特殊性，传统活性污泥技术也并不适合运用，反而应注重对口腔诊所废水的消毒处理，因为废水中含有大量的药物与寄生虫，初步过滤掉大颗粒杂质后，这些物质需要进行絮凝沉淀并采取物理过滤处理，处理完毕的污水再进行消毒处理。
可以采用一体化小型医疗污水处理器， 好像看到展会上有。不需要挖个污水池，也不用投加药物，可以用一系列的处理流程置于一台机器内，完成过滤、调节，消毒等等，直至达标处理， 技术不算很难。总体算下来比较划算。
按照1983年6月1日我国经济委员会和国家卫生部批准试行的医院污水排放标准的要求，口腔诊所的污水经处理和消毒后应达到下列标准：（1）连续三次各取样500ml进行检验，不得检出肠道致病菌和结核杆菌。（2）总大肠菌群数每升不得大于500个。（3）总余氯量为4-5mg/L。
首先将口腔诊所污水抽吸到设备集水箱内，管道不可积水。其次设置正负压管线的排气装置、排气管。最后将净水从正压输送即可。
